通过自主开发的图形用户界面，BionicCobot的操作尤为直观。用户可以从不同预编程动作，如“抓取”、“保存点”或“行驶”中进行选择，而不必自己使用复杂的编程语言进行输入。用户也不必在开始使用前先进行复杂的设置，例如设置参数。软件会自动为参数选择默认值（软件处理要求的任务所必需的变量值，例如机器人手臂的移动速度），但操作员也可手动更改这些参数。
机器人的功能以简单易懂的符号呈现在软件中。由此，操作人员可在平板电脑上通过拖拽将所需的操作串成一个时间轴并按任何顺序排列这些动作，如同视频编辑程序。操作员甚至还可以轻松地创建和保存特定重复运动序列以及更为复杂的假定条件。随后，操作员可在平板电脑模拟中或实际运动中看到 BionicCobot 如何执行这些运动序列，在程序存在任何错误时立即予以纠正，或调整速度等单个参数。
另一种可选编程方式是示教。示教的方式为，操作员将 BionicCobot 切换到手持模式（平衡器模式）， 以便自由移动该协作机器人，然后使用机器人上的操作旋钮保存特定位置和序列。对于非常精确的位置，即机器人手臂在手动模式下无法精确抵达的位置，可使用平板电脑上的方向键进行精确调整。如果专家想要对机器人进行编程，他们也可以切换到传统编程模式，将所需动作写成代码。
软件的图形用户界面上有一个连接机器人操作系统 (ROS) 的接口。数学计算在此进行。借助所储存的位置，设备计算机器人的运动路径，并检查可能的碰撞。开源平台 ROS 也有一个连接 Festo Motion Terminal（数字控制终端）的接口，操作员可通过该终端使用复杂控制技术对机器人的运动装置进行控制。